Après les attentats du 11 Septembre 2001 les Hawalas ont fait l'objet de l'attention des enquêteurs pour avoir pu être utilisés pour financer le terrorisme. En Novembre 2001, l'administration Bush des USA a fait geler les avoirs d'Al Barakat, une compagnie de paiement Hawala somalienne très utilisée par la Diaspora somalienne, et plusieurs agents de ce réseau ont été arrêtés. Le rapport officiel de la Commission 9/11 a ensuite conclu que l'essentiel des fonds utilisés pour organiser ces attaques avaient en fait transité par le réseau de virement de la SunTrust Bank de Floride, les charges contre Al Barakat ont été abandonnées et ses agents relâchés et définitivement retirés en Août 2006 de la liste de présumés terroristes utilisée par les agences fédérales américaines, mais plusieurs des avoirs de la compagnie restent gelés.
Malgré cela, sous la pression des administration fédérales américaines, des efforts internationaux ont été entrepris pour appliquer aux Hawalas des mesures systématiques de contrôle contre le blanchiment d'argent à l'échelle mondiale. Plusieurs réseaux Hawala ont depuis été fermés et quelques Hawaladars condamnés pour blanchiment d'argent.
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