Directeur de la DST depuis septembre 2002, il aurait reçu la demande de Dominique de Villepin, alors ministre de l'intérieur, d'enquêter sur l'affaire Clearstream 2 le 5 juillet 2004. Le commissaire divisionnaire Jean-François Gayraud fut chargé de superviser une cellule d'enquête aujourd'hui dispersée. Dominique de Villepin lui aurait dissimulé l'existence des investigations du général Rondot et des doutes de ce dernier. Nicolas Sarkozy, redevenu ministre de l'Intérieur lui reprocherait d'avoir enquêté sur ses prétendus comptes occultes et d'avoir conclu à une manipulation sans jamais l'en informer. Selon le directeur de la DST, il s'agissait d'un simple "recueil de renseignements". Pierre de Bousquet a appris à l'automne 2004 par Philippe Rondot que ce dernier avait entrepris des vérifications sur des hauts fonctionnaires de la défense cités dans les listings Clearstream, mais il semble avoir ignoré tout le reste. Dans ses notes saisies par les juges, M. Rondot avait écrit, à la date du 27 juillet 2004, avoir lui-même suggéré de "travailler avec P. de Bousquet". Il ajoutait : "Pour D de V, qui est d'accord, "il manque d'imagination"". La proposition n'aurait été donc été suivie d'effet qu'avec plusieurs mois de retard, et très partiellement. A la DST, on assure n'avoir mesuré l'ampleur des investigations du général qu'à la lecture de la presse en avril-mai 2006. Le 10 juillet 2004, la DST obtient le document publié par le Point. Très vite, la falsification apparaît. Peu après, M. de Bousquet prévient Claude Guéant, directeur du cabinet de Nicolas Sarkozy, de la présence du nom du ministre dans le listing.
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